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e嘉医 | GEO数据挖掘：【15】专题三 差异分析-火山图
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利用全部基因的差异结果绘制火山图，主要是利用logFC和adj.P.Val 代码直接放在这里啦↓↓↓ library(ggplot2) #用于绘制火山图 library(pheatmap) #用于绘制热图 pdf("volcano.pdf") ggplot(DEG,aes(x=logFC,y=-log10(adj.P.Val)))+ #x轴logFC,y轴adj.p.value geom_point(alpha=0.6,size=3.5,aes(color=type))+ #点的透明度，大小 ylab("-log10(adj.P.Val)")+ #y轴的说明 scale_color_manual(values = c("blue", "grey", "red"))+ #点的颜色 geom_vline(xintercept = c(-0.58496,0.58496),lty=4,col ="black",lwd=0.8)+ #logFC分界线 geom_hline(yintercept=-log10(0.05),lty=4,col = "black",lwd=0.8)+ #adj.p.val分界线 theme_bw() #火山图绘制 dev.off() #全部差异基因的热图 diff_gene_expr <- data_with_name[rownames(dif),] pdf("pheatmap.pdf") pheatmap(diff_gene_expr, color = colorRampPalette(c("blue","white","red"))(100), #颜色 scale = "row", #归一化的方式 border_color = NA, #线的颜色 fontsize = 6, #文字大小 show_rownames = F, #不展示行名 annotation_col = group) #列名的注释 dev.off()
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