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GROMACS核酸体系构建问题简单讲解
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核酸体系构建思路: 1.除氢 2.补齐3'末端氧(3’-OH的氧) 3.中间有什么缺失特别严重的部分自己看着处理处理 用的是Amber14sb力场。5'端一般不太容易缺失,Amber力场DNA参数的5'端有不带磷酸基团的参数(相当于5'-OH),如果有磷酸但磷酸基团上缺少一个O,可以判定成正常的脱氧核苷酸(缺的那个O算在前一个核苷酸的3'上)
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