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单细胞分析 CytoTRACE推断细胞分化程度/细胞干性,推断monocle2拟时序分析起点
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CytoTRACE推断细胞分化程度/细胞干性,推断monocle2拟时序分析起点。 代码见评论区~ 简介: CytoTRACE 2是一种从单细胞rna测序数据预测细胞效力类别和绝对发育潜力的计算方法。 在CytoTRACE 2的背景下,效力类别根据细胞的发育潜力对细胞进行分类,从具有广泛分化潜力的全能性和多能性细胞,到能够产生不同数量的下游细胞类型的受谱系限制的寡能性、多能性和单能性细胞,最后是分化细胞,从成熟表型到终末分化表型。 预测效力评分还提供了一个持续的发育潜力测量,范围从0(分化)到1(全能性)。 该方法的基础是一个新颖的、可解释的深度学习框架,该框架在31个人类和小鼠scRNA-seq数据集上进行了训练和验证,这些数据集涵盖28种组织类型,共同跨越发育谱。 该框架学习每个效力类别的多变量基因表达程序,并校准整个细胞个体发生范围的输出,促进在绝对空间内直接跨数据集比较发育潜力。
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