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R语言fasta序列ID转化【seqinR】
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hallo,这里是fasta序列ID转化的小技巧,一点点代码知识啦~ 代码如下: library(seqinr) #### id rename # 00 read in fasta seq1 <- read.fasta('sequence.fasta',forceDNAtolower = F) # 01 get origin id seq.anot <- getAnnot(seq1) # 02 custom modification ID library(stringr) lapply(seq.anot, function(x) { str_c(str_split(x," ",simplify = T)[c(2,3,4,1)],collapse = '_') }) # 03 Pro Custom id.new <- lapply(seq.anot, function(x) { id.shu <- str_sub(str_split(x," ",simplify = T)[2],1,3) id.zhong <- str_sub(str_split(x," ",simplify = T)[3],1,3) id.num <- str_replace(str_split(x," ",simplify = T)[1],'>','') return(str_c(c(id.shu,id.zhong,id.num),collapse = "_")) }) seq.new <- seq1 # names(seq.new) <- id.new write.fasta(sequences=seq.new,names=id.new, nbchar = 60, file.out = 'rlt.fasta') cat(":)")
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