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【lammps】分子动力学——算法介绍,单位制度,积分步长的选取,温度压力的控制方法,周期边界条件,分子动力学模拟的力场,分子动力学模拟的流程
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觉醒时刻:幸好!!!在上分子动力学大课之前,看了这篇经验总结。 1.lammps是什么? LAMMPS是一个经典的分子动力学代码,他能够模拟液体中的粒子,固体和汽体的系综。他能够采纳不同的力场和边界条件来模拟全原子,聚合物,生物,金属,粒状和粗料化体系。LAMMPS能够计算的体系小至几个粒子,大到上百万乃至是上亿个粒子。 2.lammps能做什么? LAMMPS能够在单个处置器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率,可是它是专门为并行运算机设计的。他能够在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算,这其中固然包括散布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。 3.lammps的运算逻辑 通常意义上来讲,LAMMPS是依照不同的边界条件和初始条件对通太短程和长程力彼此作用的分子,原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。高效率计算的LAMMPS通过采纳相邻清单来跟踪他们临近的粒子。这些清单是依照粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的,目的是幸免局部粒子密度太高。在并行机上,LAMMPS采纳的是空间分解技术来分派模拟的区域,把整个模拟空间分成较小的三维小空间,其中每一个小空间能够分派在一个处置器上。各个处置器之间彼此通信而且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。LAMMPS(并行情形)在模拟3维矩行盒子而且具有近均一密度的体系时效率最高。 我只告诉你的独家笔记,悄悄学习,卷死同学。分子动力学科必备技能,你不会还不知道吧???
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