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从FASTQ 文件到主要调节因子, RNA-seq 数据分析 (第五部分): 启动子分析
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微信公众号: geneXplain 本视频是RNA-seq数据分析教程视频系列的第四部分。 在第一部分视频视频已经提到本操作示例已将乳腺癌三阴性细胞 MDA 231 中的基因表达与雌激素受体阳性细胞 MCF-7 中的基因表达进行了比较。用于该分析的 FASTQ 文件取自 Gene Expression Omnibus,GSE188914。参考原文献是PMID:35014681 分析的目的是鉴定乳腺癌三阴性细胞中的主要调节因子。 第一部分的视频操作是关于MDA 231 细胞的三个 FASTQ 文件和 MCF-7 细胞的三个 FASTQ 文件被提交到geneXplain 平台中预先存在的工作流。该工作流包括子读取对齐、特征计数和 Limma voom。 第二部分的视频是关于工作流的输出文件。对齐并映射到基因 BAM 文件,在内置的基因组浏览器上可视化。 第三部分的视频是关于上调基因的进一步处理,包括映射到 GO 术语、通路、疾病本体和识别基因功能组。 第四部分的视频是对乳腺癌中表达的基因进行上游分析,以确定可能在乳腺癌中发挥作用的主要调节因子,如 E2F1、GR 和 E2F7。 本视频是RNA-seq数据分析的第五部分,也是分析操作展示的最后一部分中,揭示了启动子分析的结果,分析了在三阴性乳腺癌细胞中上调的 437 个基因启动子,并显示了这些启动子上已鉴定的 TFBS 的可视化。
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