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共定位gwas2xqtl & 获取(decode, ukb_ppp)pqtl数据
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药靶MR:GWAS meta+pqtl(decode,ukb-ppp)+MR+ldsc+coloc+HyPrColoc + FUMA
30.Volcano Ukb-Ppp Decode
共定位分析--IEU数据库中两个GWAS的共定位(coloc)分析
pwcoco共定位
13.Genetic Correlation Ldsc
17.Mendelian Randomization Decode
32.Predata Hyprcoloc
38.Gene2func
11.Genetic Correlation Icpagdb
PWAS+TWAS+共定位+孟德尔随机化,从遗传、转录组和表型信息推断基因表达与性状的关系
24.phenoscanner
23.Mendelian Randomization Ukb Ppp
22.F Statistics Decode
12.Predata Genetic Correlation Ldsc
25.Mr Presso Mendelian Randomization Ukb Ppp
39.Ppi
37.Reverse Fdr Mendelian Randomization Ukb Ppp
27.Colocalization Ukb Ppp
33.Hyprcoloc
19.Mr Presso Mendelian Randomization Decode
09.Fuma
15.Mendelian Randomization
07.Metal Gwas
TWAS分析之FUSION--Fast2TWAS_0.0.1
34.Reverse Mendelian Randomization Decode
08.Hg19tohg38
LDSC-hess-遗传相关性-孟德尔随机化(性状/疾病间的共同遗传研究)
14.MAGMA
06.Pre Data
调用ANNOVAR对GWAS数据进行注释&添加SNP号
03.Reference
获取gtexV8eqtl数据
02.software
11.pQTL_MR
29.SMR
35.Reverse Fdr Mendelian Randomization Decode
18.Fdr Mendelian Randomization Decode
10.Plot Fuma
02.Software
性状/疾病间的共同遗传研究(二):多疾病VS多疾病(LDSC + LAVA + SUPERGNOVA + hess+ Coloc + TWAS+FOCUS