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R语言 | OrthoFinder提取最长转录本 | 特殊情况处理 | data.frame数据转FASTA格式输出
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提取最长转录本可以用OrthoFinder软件中的primary_transcript.py去做,但如果这个方法识别不了FASTA文件中的多条转录本该怎么办?这个视频会提供一种解决思路。 OrthoFinder提取失败,很可能是因为transcript的id千奇百怪,这个时候就需要先确定一下gene和transcript的对应信息。可以考虑通过一些注释文件(如gff、gtf)的第九列获取,嫌麻烦的话也可以用一些软件比如gffread去提取。但要注意的是,第九列的注释信息很杂,Parent、Name、ID、gene等都有可能存储基因的信息,需要特别注意。 R真的很神奇,每次换个思路写都会有新收获。
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