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CGM第423期-程昊宇-基因组从头组装算法hifiasm
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基因组从头组装(de novo genome assembly)是一种不依赖参考基因组的基因组重构方法。如何高效组装全基因组一直是生物信息学中的核心问题之一,并且仍然是最具挑战性的任务之一。随着长读长测序技术的进步,组装算法现在能够以经济有效的方式重建高质量的二倍体人类基因组。这一显著进展促进了对复杂基因组的全面研究,并为个人基因组时代铺平了道路。我将介绍我们为基因组从头组装设计的一整套算法,包括 hifiasm(Cheng et al, Nature Methods, 2021),hifiasm(Hi-C)(Cheng et al, Nature Biotechnology, 2022)和 hifiasm(UL)(Cheng et al, Nature Methods, 2024)。这些算法旨在通过整合各种数据类型来生成最佳基因组组装结果。
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