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AlphaFold3实操专题之应用总结
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直奔主题,先上应用总结: 优点:利用AlphaFold3预测转录因子蛋白与靶基因启动子DNA互作,目前大概是生信预测类中最准确的方法。充分使用该工具,会让互作机制研究会更容易些,make it easier,和我们公司的服务理念一致。建议结合其他生信分析网站,如JASPAR、hTFtarget等网站(干实验数据),或充分整合自己项目的ChIP-Seq互作组数据(湿实验数据),进行初步分析,然后再用AlphaFold3进行预测验证,将会提高互作机制研究的成功率。 缺点:AlphaFold3毕竟是基于序列和AI大模型的建模预测,本身仅供参考。另外,真实世界的分子互作,有很多影响因素,比如序列修饰、互作受环境条件、遗传背景等,可供AlphaFold3训练的语料非常有限。因此,基于AlphaFold3的互作预测,需要小心求证。另外,AlphaFold3使用,需要Google和Gmail邮箱才能顺利使用,会限制很多科研工作者的正常使用。 策略:我们团队紧跟互作机制研究热点,可以协助您的项目,使用AlphaFold3工具进行预测分析。另外,我们团队长期聚焦互作机制研究的湿实验技术服务,如ChIP-Seq互作组检测、ChIP-qPCR互作蛋白验证、修饰互作验证、环境条件互作验证、互作调控机制探索等实验,协助您轻松突破互作机制研究,让科研成果更上一层楼。
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