V
主页
第九期——大片段结构变异对拟南芥生态适应的贡献
发布人
2023年10月7日,兰州大学刘建全团队与四川大学、中国农科院烟草研究所等单位在国际知名期刊《Nature Communications》上合作发表题为“The pan-genome and local adaptation of Arabidopsis thaliana”的研究论文。该研究采用PacBio-HiFi测序策略完成了32个具有代表性的拟南芥生态型高质量基因组组装,其中6个生态型是具有明显差异的孑遗生态型,其它26个生态型则是冰期后经历了单系扩张的非孑遗生态型。基于基因家族聚类的泛基因组分析确定了拟南芥中的可变基因扩大了不同生态型的基因库,从而有助于对当地环境的适应。为鉴定32个生态型中的结构变异(SVs),研究人员进一步构建了图形泛基因组,并基于图形泛基因组鉴定到61,332个大片段结构变异(>50 bp),涵盖18,883个基因,其中一些基因与拟南芥的生态适应性高度相关。例如,西藏生态型(Tibet-0)的HPCA1基因启动子区域存在一个特定的332 bp插入,该插入导致基因上调表达,从而促进拟南芥对高山环境的适应。该研究揭示了结构变异对拟南芥不同生态型本地适应的遗传贡献。菲沙基因承担了本研究中部分测序与分析工作。 菲沙基因“智周万物”论坛,特邀该论文共同第一作者、兰州大学生态学院青年研究员康明辉对“大片段结构变异对拟南芥生态适应的贡献”主题内容作在线报告,欢迎各位感兴趣的老师届时参与和讨论。
打开封面
下载高清视频
观看高清视频
视频下载器
第十一期——表观调控和遗传结构协同塑造海洋生物的环境适应能力
第一讲——重测序带你透析物种进化、驯化、疾病缘由
第二讲——群体进化&GWAS研究内容与发文套路总结
第七期——玉米及其近缘种的比较基因组学研究进展
第八期——基于基因组解析柑橘的起源和进化
第六讲——遗传变异分类解读及报告规范
第五讲——生信实操--手把手教你做二、三代变异检测
第五期——鱼类性染色体的起源及其三维结构的可塑性
超级放大镜专题节目(一)扩增子测序初了解
第十期 油菜基因组3D空间结构及其在种子含油量调控中的功能
第一讲——三维基因组学技术发展和应用思路
第三讲——生信实操--手把手教你做群体进化分析
第四讲——植物基因组高分文章研究思路
第二期——高质量胡桃楸基因组为胡桃醌和脂质合成研究提供了新见解
“菲”常记录第三期:比较基因组学那些事儿
“菲”常记录第二期:走进描绘基因信息的分析家的生活,解读HiFi数据
第七讲——HiC-Pro理论课
国自然热点——DNA甲基化测序
第五讲——ATAC-seq和CUT&Tag原理与分析
第三期——三维基因组与自身免疫疾病
第三讲——10X Genomics单细胞测序技术介绍及案例分享
120秒带你快速了解基因组Denovo---基因组Survey知多少
第四讲——三代变异检测及其在动植物研究中的应用
第一讲——三代转录组测序技术在医学科研中的应用
Nature重磅之走近“逃生艺术家”蜜袋鼯!普林斯顿大学研究团队揭秘滑翔有袋类动物如何通过趋同进化获得滑翔能力
第一讲——基因组简史 :基因组的起源、进化、特征和功能
国际素食日——植物知多少
Nature发布2024年值得关注的9个科学大事件,中国嫦娥六号上榜
第二讲——Linux基础操作和软件安装
第五讲——基因组注释的门门道道
为什么不能追彩虹?
菲沙基因超级放大镜专题节目第二期,带您继续探秘扩增子测序之旅~
为什么中国滥用抗生素这么久,却没出现传说中的超级细菌?
第三讲——基因组组装软件选择攻略
第八讲——HiC-Pro实操培训
研究发现:塑料不能放进微波炉里加热
维生素D跌落神坛,我的钙片都白吃了吗?【科学前沿】
第三讲——ATAC-Seq原理与分析
这是一处位于人体内非常重要的肌肉
第一讲——三维基因组技术发展和应用