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William Greenleaf教授报告——DNA双螺旋发现70周年暨昌平实验室成立三周年国际学术论坛
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来自斯坦福大学的William Greenleaf教授就“Exploring the Physical Genome”作报告。他通过分化的细胞是如何自我识别这一问题引出对于基因组物理结构的探索与讨论。每个细胞,尽管具有相同的基因组,可以通过特异性识别DNA序列的转录因子驱动基因表达特定蛋白质,使细胞发挥不同作用。Greenleaf团队致力于寻找这一过程中的基因组转录机制,以判断转录因子所控制的基因片段及肽链的压缩、折叠等。团队开发了一种用于DNA片段测序的分离技术,可将开发的DNA片段转置于所检测的基因片段上,然后将所需片段分离后进行测序,用以识别被表达及受到相关因子驱动的基因片段。Greenleaf团队还关注驱动基因表达变化的调控元件,一方面通过训练神经网络模型预测对染色质具有高度破坏性的突变,判断基因组调控作用对于潜在突变的重要性,另一方面通过分子方法尝试理解调控元件的特定分子状态,判断是否可以得到一个定量模型,以用于理解DNA序列与相关分子浓度之间的关系。由此建立的配分函数模型可以用于启动子状态的测量,理解驱动基因表达里的微观状态。
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