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[生物治疗系列] 3-结直肠癌系统性转移的基因组进化和多种模型(肿瘤生信研究-2)20220627
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涉及干实验:全外显子测序(WES)、靶向测序、驱动基因筛选(根据TCGA假定驱动基因共识列表)、成对遗传距离计算(Pairwise genetic distances)、系统发育进化树构建(Treeomics、LICHeE、MEDICC等方法)、肿瘤克隆确定(重建样本基因组结构、跟踪克隆动态等过程)、遗传算法(MACHINA等)、突变谱分析、COSMIC突变特征分析等。 涉及湿实验:免疫组织化学染色(IHC)、CRISPER-CAS9基因编辑技术、Western blot、transwell实验、MMP实验等。 核心研究结论:构建并验证CRC在不同个体中的3种进展模型:顺序模型、分支模型和散居模型,证明编码RNA结合蛋白的ZFP36L2基因突变是CRC转移中的关键驱动基因。
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