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免疫细胞浸润分析(xcell法),以TCGA数据为例,R语言的实现过程
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1 xcell需要准备的文件 表达矩阵(行名为基因名,列名为样本名)。 2 参考文件 64种免疫细胞,489种细胞型基因集。 3 xcell包进行免疫细胞浸润分析,输入的数据是count数据还是标准化后的数据 xcell 包进行免疫细胞浸润分析时,输入的数据通常是标准化后的数据(RPKM、FPKM和TPM)。
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