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iMeta | 深圳华大生命科学研究院邹远强/肖亮团队揭示毛螺菌科多样性
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iMeta | 深圳华大生命科学研究院邹远强/肖亮团队揭示毛螺菌科多样性 分离培养的毛螺菌科潜在新种拓展了基因组和功能多样性 Isolation of potentiallynovel species expands the genomic and functionaldiversity of Lachnospiraceae DOI:https://doi.org/10.1002/imt2.174 发表时间:2024年2月14日 第一作者:林晓倩 通讯作者:Karsten Kristiansen(kk@bio.ku.dk),肖亮(xiaoliang@genomics.cn),邹远强(zouyuanqiang@genomics.cn) 合作作者:胡童远,吴智楠,李灵讷,王钰淏,文定洋,刘旭东,李文曦,梁何伟,金鑫,徐迅,汪建,杨焕明 主要单位: 深圳华大生命科学研究院 亮点 • 全面的基因组分析揭示了毛螺菌科被低估的物种多样性和独特功能。 • 1.5 M基因集合的构建突显了毛螺菌科在人类肠道微生物群中的重要作用,以及潜在新物种的贡献。 • 毛螺菌科在短链脂肪酸(SCFA)合成、产次生代谢产物和形成孢子方面表现出巨大的潜力,具有广阔的研究和应用前景。 • 毛螺菌科的丰度与动脉粥样硬化性心血管疾病(ACVD)和炎症性肠病(IBD)等疾病相关,表明其具有潜在的保护作用。 摘要 毛螺菌科有望成为下一代益生菌,但目前缺乏对其多样性的全面描述,阻碍了可应用的菌株的选择。为了解决这一不足,我们将公共数据库与我们的新分离株相结合,对1868个高质量基因组进行了深入的基因组和功能分析。该数据集代表387个定植选择性的物种级簇,其中8个属为多谱系。泛基因组分析、单核苷酸多态性(SNP)鉴定和益生菌功能预测表明,物种分类、栖息地和地理位置共同塑造了毛螺菌科的功能多样性。此外,对动脉粥样硬化性心血管疾病(ACVD)和炎症性肠病(IBD)的关联分析表明,几种潜在的新型毛螺菌科物种具有减少机会性病原体丰度的潜力,从而带来潜在的健康益处。我们的研究结果揭示了新物种尚未发掘的潜力,基于此选择菌株,得以开发有望改善人类健康和疾病管理的下一代益生菌。
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