V
主页
CGM第395期:候选因果基因TWAS精细定位方法
发布人
嘉宾简介: 刘璐,美国密歇根大学生物统计系,周翔教授课题组博士后,2023年博士毕业于山东大学生物统计学系,导师为袁中尚教授,主要研究方向为跨组学数据整合统计推断方法,研究成果以第一作者发表在Nature Genetics、American Journal of Human Genetics等期刊。 内容摘要: 全转录组关联研究(TWAS)旨在整合表达数量性状基因座(eQTL)和全基因组关联研究(GWAS),以期进一步阐明复杂疾病内在分子遗传机制。本研究构建了GIFT(Gene-based Integrative Fine-mapping through conditional TWAS)模型,对区域内的所有基因联合建模,在最大似然框架中进行条件 TWAS 分析,以有效地实现 TWAS 精细定位(fine-mapping)。GIFT 对区域中不同基因之间表达水平的相关性和 cis-SNPs 的 LD 关系联合建模,并校正了构建预测基因表达时的不确定性。因此,GIFT 可提供校准的p值,将多个边际 TWAS 关联精炼为更小的因果关联集,具有很高的检验效能,减少了错误发现。通过 UKB 中血压和血脂六个复杂性状的实际数据应用,GIFT 比已有方法识别因果基因集大小减少了 32.16%~91.32%。GIFT 识别的因果基因突出了直接血管调节在血压中的重要性,以及脂质代谢在调节血脂水平中的重要性。 参考文献:Liu, L., Yan, R., Guo, P., Ji, J., Gong, W., Xue, F., Yuan, Z. & Zhou, X,. Conditional transcriptome-wide association study for fine-mapping candidate causal genes. Nat Genet 56, 348–356 (2024)
打开封面
下载高清视频
观看高清视频
视频下载器
CGM第135期-杂交物种形成的分子遗传机制
CGM第394期:结构变异驱动甘蓝基因表达变异和多样化驯化
40..快速绘制曼哈顿图,只需要基因和P值。孟德尔随机化,差异分析结果等均可用
CGM第128期 杜鹃花基因组测序与花色形成机制
CGM植物基因组与数据库专题-2024-05.18
CGM第399期:兰州大学郑泽宇博士 群体SV合并整合新方法: PanPop
CGM第一百一十期 R-loop的全基因组水平检测与功能研究
CGM第一百零五期 钟裕博士 玉米单倍体诱导关键基因ZmDMP的克隆及功能验证
CGM第336期:构建美洲狼尾草图形泛基因组发现结构变异在耐热调控的关键作用
CGM第一百二十四期 沈侠教授 GWAS summary statistics: a powerful resource
端午快乐!《御兽:基因提取,养成禁忌生灵!》意外获得了提取生命基因的超越SSS级天赋-序列提取! 可以提取各种生物的血脉、技能、优点、进化路线,集百家之长!
CGM第一百四十九期 裴唯珂博士 单细胞谱系追踪解析免疫系统的发育
基因编辑技术原理
CGM第305期:小分子RNA调控玉米抗旱的遗传机制解析
CGM第一百一十二期 转座子依赖宿主基因转录的多样转座策略
CGM第302期:US-align:蛋白质、RNA、DNA以及大分子复合物的通用比对算法
CGM第三十八期:汪海博士《在进化生物学的框架下利用深度学习预测基因表达》
CGM第289期:整合单细胞组学数据解析细胞异质性和转录调控
CGM第325期:以对环境高度敏感的鼠兔亚属为模型解析不同时间尺度杂交事件的基因组学效应和进化响应
CGM第418期:MRDI —— 一种基于多基因编辑的作物定向改良策略
CGM第一百四十期 胡鹏果博士 KASP基因分型技术应用及实验流程优化
CGM第一百三十六期 史俊鹏博士 玉米驯化和育种改良过程中非基因调控区的比较基因组学研究
CGM第三百二十七期 王斯瑶博士 辐射导致父系DNA损伤的隔代遗传机制
CGM第337期:香榧超大基因组解析 孙学鹏教授
CGM第八十七期报告: 杨俊博士 《基因组数据分析揭示的番薯进化简史》
CGM第398期:单细胞多组学数据分析工具SnapATAC2
CGM第367期:菊花基因组研究揭示其起源与育种历史
CGM第一百一十八期 张兴坦博士 榕树与榕小蜂基因组揭示协同进化机制
CGM第319期:在碱基分辨率上定义基因组结构
CGM第二百三十期 刘小敏博士 覃友文博士 孟德尔随机化应用于微生物组、代谢组和疾病的因果研究
CGM第334期:大样本病例对照测序研究揭示早发性卵巢功能不全遗传特征
CGM第348期 周勇&于志超博士:基于水稻泛基因组研究群体水平倒位变异和构建同源基因数据库
CGM 第一百六十八期 蔡黎明博士 寄生的代价–寄生花基因丢失与水平基因转移组学分析
CGM第二百四十九期 熊墨淼教授 全基因组因果研究
CGM第十八期 舒江博士《OSG101:基于高通量计算平台的生物数据分析》
CGM第一百九十九期 罗宵博士 长读长测序组装单倍型基因组方法的开发
CGM第326期:将活性DNA脱甲基化、DNA损伤和神经元功能联系起来
CGM第347期:深度学习解析基因组复杂结构变异
CGM第一百七十九期 李洪雷博士 生姜染色体水平基因组及其特有成份姜辣素的合成途径
CGM第一百一十四期 腊梅全基因组测序及其花香合成、开花分子机理解析