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ETCM:网络药理学药物靶点数据库整理,拯救你的tcmsp独龙
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ETCM:网络药理学药物靶点数据库,拯救你的tcmsp独龙
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蛋白质名称转换为Gene symbol:简单快速将长长的蛋白质名称转换成基因名称,网络药理学蛋白质ID转换,转换率高
Combat:多个表达数据的合并与批次矫正,GEO数据库合并、TCGA数据合并(R语言sva包简单实现)
药物疾病网络:网络药理学寻找药物间接靶点,使用cytoscape软件中的mcode插件通过ppi蛋白互作网络寻找药物疾病间接靶点,构建药物疾病调控网络
PPI网络:蛋白互作网络的构建与核心基因的筛选(string数据库,cytoscape软件与cytoNCA插件)
R语言使用最多9个数据库进行miRNA靶基因预测,mRNA的miRNA预测(miRNA-mRNA交互)
GEOquery:两分钟教你用R语言搞定表达矩阵的下载整理与临床数据,GEO数据库挖掘
illumina平台文件的表达矩阵整理:GEO表达矩阵有负值,GEO无表达数据,limma包,GEO原始数据提取与标准化
GSVA基因集评分的WGCNA模块非肿瘤生信套路课程(肿瘤适用,GEO、TCGA等疾病数据库)
GEO数据库挖掘,基因表达矩阵的下载与生成(R语言)
差异分析结果的解读
生信教学:10分钟解读与复现2022年发表的数据库纯生信sci,再小也是肉
KEGG富集分析简单实现:使用R语言对基因列表进行功能途径的富集分析
Geo数据库平台探针无基因名称
生信教学:limma差异分析标准化箱式图热图标记火山图
CB-dock2:免费的在线分子对接工具(盲对接)
生信教学:非肿瘤机器学习列线图诊断模型WGCNA筛选生物标志物ssGSEA标志基因集
GEO数据库中平台没有基因名称,解决方案+1
GEO数据库数据整理:安捷伦双通道芯片的数据提取与清洗,表达矩阵有负值,表达矩阵标准化(GEO数据库挖掘系列课程)
WGCNA高级:将CIBERSORT免疫浸润结果作为性状进行WGCNA分析(WGCNA+CIBERSORT)
只用一行代码提取GEO数据库表达矩阵(R语言)
GEO数据库挖掘必看:数据库的介绍及数据存储规律
ceRNA网络构建:快速使用R语言构建ceRNA网络(circRNA-miRNA-mRNA)
GO富集分析简单实现:使用R语言对基因列表进行分子功能、细胞结构、生物过程富集分析
讲在前面:GEO疑难杂症的处理,表达矩阵有负值、探针平台无基因名称、双通道芯片测序数据的提取、Agilent、affy、Illumina平台数据提取与处理
自定义你的WGCNA基因集功能表型,GSEA富集分析+ssgsea分析+WGCNA分析,R语言全代码分享
ChatGpt镜像大全
论文图片排版!使用R语言进行论文图片排版(multipanelfigure)
KEGG通路图:基因logFC通路图标记自定义颜色简单实现(R语言)
以IOBR包本地安装为例:安装github来源的R包网络报错、网络卡,找不到压缩包如何进行本地安装?
一致性聚类简单实现:使用R语言对表达矩阵进行样本分型,根据PAC自动化选取最优k值(ConsensusClusterPlus包)
DO富集分析简单实现:使用R语言对基因列表进行疾病富集分析
生信教学:GSEA富集分析及其结果解读,R语言
转录因子富集分析与miRNA富集分析的简单实现:使用R语言对基因列表进行miRNA预测、转录因子预测
单基因GSEA富集分析简单实现:使用R语言对表达矩阵进行单基因GSEA富集分析
讲在前面:单体网药MCODE集群网络结合单细胞测序与bulk转录组思路+CIBERSORT免疫浸润分析
R与Rstudio的简单了解(r包安装,有基础的不用看)
代码更新:最简单的差异分析!limma差异分析标准化箱式图热图标记火山图
思路延伸:疾病单基因mfuzz表达模式聚类结合ssgsea分析联合CIBERSORT免疫浸润思路
课程思路:单细胞测序双疾病分析联合bulk转录组测序cibersort免疫浸润,GSEA富集
shiny实践:自定义生信模型的在线shiny小工具(预后模型、诊断模型)