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2-测序前处理
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1.下载源数据:直接下载 或 parallel-fastq-dump 2. 按照试剂盒处理:cutadapt, seqkit 3.使用bowtie去除rRNA序列,使用bowtie2去除tRNA序列 源数据论文的链接:https://www.nature.com/articles/s41467-020-18452-2 方法论文的链接:https://www.nature.com/articles/s41596-022-00708-4#Sec131 下一期:使用STAR进行比对,简单讲一下sam/bam文件,最后使用cut或者awk处理sam文件,你用编程语言处理也是可以的。 如果有不明白的可以评论,偶尔会看。最近挺忙的,下一期可能两周后更。
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