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iMetaOmics | 上科大刘雪松组开发基于通路的肿瘤细胞鉴别工具TCfiner
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iMetaOmics | 上科大刘雪松组开发基于通路的肿瘤细胞鉴别工具TCfiner TCfiner:基于通路活性在单细胞RNA数据中鉴别肿瘤细胞 TCfinder: Robust tumor cell discrimination in scRNA-seq based on gene pathway activity DOI:https://doi.org/10.1002/imo2.22 发表时间:2024/8/7 第一作者:吴宸旭、宁伟 通讯作者:刘雪松(liuxs@shanghaitech.edu.cn) 合作作者:吴涛、陈静、要慧子、陶紫玉、赵翔宇、刁凯旋、王金禹、王卫良、李新星、宋倩倩 主要单位: 上海科技大学生命与科学技术学院 亮点 • TCfinder是一个易用的R包,使用通路得分来区分正常细胞和肿瘤细胞; • TCfinder的肿瘤细胞识别性能优于现有工具; • TCfinder性能稳定,在稀疏的单细胞数据中依然表现良好。 摘要 单细胞RNA测序(scRNA-seq)已成为研究肿瘤的重要方式之一,不仅揭示了细胞间相互作用,还提供了对癌症演变和异质性的深入了解。然而,在稀疏的单细胞数据中准确区分肿瘤细胞和正常细胞仍然是一个挑战。在此,我们开发了TCfinder (Tumor Cell finder),一种基于通路得分的肿瘤细胞识别工具,它摆脱了传统方法对特定标记基因的依赖,并克服了单细胞数据稀疏的问题。在多个独立的scRNA-seq数据集中,TCfinder在肿瘤细胞识别方面表现优于现有方法。此外,对TCfinder重要特征的研究中发现,抗原呈递通路在肿瘤细胞中的表达低于正常细胞。总体而言,TCfinder被证明是一种准确的基于通路的泛癌肿瘤细胞与正常细胞鉴别工具。
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