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iMeta | 中国农业科学院深圳农业基因组所陶永富组完成高粱T2T基因组组装
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iMeta | 中国农业科学院深圳农业基因组所陶永富组完成高粱T2T基因组组装 完整组装两个端粒到端粒的高粱基因组以指导生物学发现 Complete telomere-to-telomere assemblies of two sorghum genomes to guide biological discovery DOI:https://doi.org/10.1002/imt2.193 发表时间:2024年4月5日 第一作者:魏传正、高磊 通讯作者:陶永富(taoyongfu@caas.cn) 合作作者:肖瑞雪、王彦博、陈冰嬬、邹文会、李继红、Emma Mace、David Jordan 主要单位:中国农业科学院深圳农业基因组研究所、吉林省农业科学院、昆士兰大学 亮点 • 完成了BTx623和Ji2055两个高粱种质的T2T基因组组装; • 纠正了先前版本BTx623-v3参考基因组的组装错误; • 解析参考自交系BTx623和中国自交系Ji2055基因组之间的序列差异。 摘要 高粱是世界第五大谷物,也是我国的常见农作物之一,在全球粮食安全和可持续农业中扮演着至关重要的角色。本研究组合使用ONT的超长测序技术、Pacbio的高保真测序技术以及Hi-C测序技术组装了BTx623和Ji2055两个高粱自交系的完整T2T基因组。通过评估基因组覆盖深度、BUSCO、LTR装配指数等一系列参数全面验证了T2T装配的准确性和完整性。基于新组装BTx623的T2T基因组鉴定出36.25 Mb的新序列,纠正了先前版本BTx623-v3基因组中数十个大DNA片段的排列和定位错误,这对于利用高粱复杂区域的遗传信息至关重要。解析参考自交系BTx623和中国自交系Ji2055基因组之间的序列差异,为理解高粱复杂性状差异提供新见解。两个高粱自交系高质量的T2T基因组将为高粱遗传改良和基因功能发掘提供重要资源,为深入解析作物遗传变异奠定坚实的理论基础。
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