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将seurat rds文件跟一个分组文件或metadata文件合并来改变seurat对象中的分组等信息
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大家看了我整个单细胞分析流程的系统讲解视频+每个模块的实操讲解视频+每个模块的演示数据,这样下来基本上一天就能精通单细胞的全流程分析,并能快速用自己的单细胞测序数据或公共数据库下载的单细胞数据在自己的电脑上跑完单细胞分析的全部流程。 包括但不限于单细胞数据的全流程零代码一键分析软件神器OmicsTools在我的github仓库zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库中大家可以下载安装进行各种生信分析和可视化作图。
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使用otu,tax,sample三个文件构建宏基因组微生物组分析对象教程
数据中自带分组列,自动求分类均值并绘制水平对比条形图
《Science》爆火的活体皮肤透明化技术,透明后直视五脏六腑!
一张图中绘制多个基因试验vs对照的差异箱式图,提供基因列表文件
把表达数据跟分组标签数据进行整合并提取出子集数据
使用UCell,GSVA,ssGSEA进行单细胞通路富集分析和自定义通路富集分析补充讲解视频
从GEO的GPL注释文件中提取出基因探针对应基因名称的基因注释信息
读取Seurat注释好细胞名称的数据进行单细胞拟时序分析教学
使用infercnv进行单细胞拷贝数变异分析和可视化教程
P1-4 GEO数据挖掘论文复现每晚11点手把手直播教学视频,从GEO中下载表达矩阵和分组信息
String网站进行蛋白互作网络可视化详细教学
整个表达矩阵的箱式图绘制(用于查看质控标准化结果)
5.KEGG、GO富集分析
在表达数据文件和分组信息文件中剔除掉PCA聚类异常样本
数据中自带分组列,把样本id+分组名称构成作为x轴绘制百分比条形图
将整理的的细胞名称文件注释到seurat对象中并进行可视化教程和结果解读
绘制拟时序分析top差异基因或一组基因的时序热图,可通用绘制任意基因表达数据集的时序热图
7.ROC验证
真正的爱是给予,是反馈。就和我们给主任打工一样,不是一句你看好我这事就过去了,而是我要真实的体会到你看好我,并对我进行帮助和鼓励。
按照某个基因或特征的高低分组进行所有基因的批量差异分析
生信的分析方法可以照搬去做孟德尔随机化吗?
从孟德尔随机化分析结果中筛选跟结局显著因果关系的暴露因素
在windows系统上设置虚拟内存拓展解决单细胞等生信分析内存不够的问题
孟德尔随机化分析在本地去除连锁不平衡操作教程
r包安装报错?一个视频解决各种R包安装问题.
关于网络药理学等生信分析功能的直播答疑
一个视频教会你GEO数据库的处理!
孟德尔随机化分析对暴露数据SNP进行F检验并去除弱工具变量
不同物种间同源基因转换直播教学和答疑
医学生上岸乡镇卫生院编制的那一天,屁股坐在工位上才明白的……
指定的多个数据文件按列整合教程
3张图就发11分+思路,一个思路小转弯就让孟德尔随机化起死回生!
绘制单细胞的拟时序细胞分化轨迹,为不同分组细胞进行着色
P1-3 GEO数据挖掘论文复现每晚11点手把手直播教学视频,GEO数据集的基本信息解读
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这个单细胞全流程分析教程视频让大家快速掌握单细胞分析
生信分析5年思路大汇总,附15篇模版文献(非肿瘤篇)
打破信息差!外网这8个医学网站简直好用到离谱!!
对一组基因每个基因单独绘制一张箱式图
所有类型细胞中基因在不同分组的差异表达分析