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转录因子靶基因预测在线工具:多数据集取交集
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转录因子(TF)是细胞中的蛋白质,它们可以特异性地结合到DNA上并调控基因的表达。转录因子靶基因预测是指通过生物信息学工具或实验方法,预测转录因子可能调控的基因群。这一过程对于理解基因表达的调控机制以及复杂生物学过程中的功能性网络至关重要。 目前,有多个数据库专注于转录因子及其靶基因的预测,例如TRANSFAC(转录因子的调控元件和靶基因数据库)、JASPAR(开放存取的转录因子结合位点模型数据库)、TRRUST(人类和小鼠转录因子及其靶基因的可信关系)、ENCODE(编码转录调控的项目数据库)等。这些数据库为科研人员提供了丰富的资源,以探索和验证转录因子与靶基因之间的相互作用,并揭示其在不同生理和病理状态下的功能。 之前进哥也整理了一些转录因子数据库: “转录因子”的搜索结果 – 王进的个人网站 https://www.jingege.wang/?s=%E8%BD%AC%E5%BD%95%E5%9B%A0%E5%AD%90 也做了一个基于爬虫的shinyAPP用于预测调控目标基因的转录因子预测: https://www.jingege.wang/2023/09/04/%e9%9d%b6%e5%9f%ba%e5%9b%a0%e8%bd%ac%e5%bd%95%e5%9b%a0%e5%ad%90%e9%a2%84%e6%b5%8b%e5%b0%8f%e5%b7%a5%e5%85%b7%e5%88%86%e4%ba%ab-%e6%95%b4%e5%90%88%e5%a4%9a%e6%95%b0%e6%8d%ae%e5%ba%93/ 然后,有同学留言让加下转录因子靶基因预测功能,一直没时间搞,正好最近要用到,于是乎就做了一个,与之前的工具独立,数据库略有不同,但都是基于爬虫进行数据获取。入口如下: https://www.jingege.wang/2024/01/04/%e8%bd%ac%e5%bd%95%e5%9b%a0%e5%ad%90%e9%9d%b6%e5%9f%ba%e5%9b%a0%e9%a2%84%e6%b5%8b%e5%9c%a8%e7%ba%bf%e5%b7%a5%e5%85%b7%ef%bc%9a%e5%a4%9a%e6%95%b0%e6%8d%ae%e9%9b%86%e5%8f%96%e4%ba%a4%e9%9b%86/
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