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靶基因转录因子预测小工具分享——整合多数据库及相关性分析
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众所周知,一个转录因子能同时控制多个基因的表达,同时转录因子的功能作用也可能受多个调控因子的影响。转录因子对基因表达的调控至关重要,如何去科学的预测靶基因的转录因子,这是我们在做转录因子研究的时候需要考虑的问题。这里给大家罗列了几个常用的转录因子预测在线工具: 关于转录因子调控基序(motif)就不多说了,学过分子生物学的同学应该知道,motifmap和Jaspar主要基于motif进行转录因子预测; 因为转录因子是和DNA结合的,因此通过ChIP实验可以拉下与转录因子结合的DNA片段,结合高通量测序可以得到所有的靶基因,hTFtarget、Cistrome和ENCODE在线工具主要基于该技术; 另外转录因子会调控基因表达,因此敲低转录因子之后相关靶基因表达会发生改变,KnockTF就是整理了众多转录因子敲低的GEO数据集; 与前一点相似,在没有调低转录因子的样本中,转录因子应该也与靶基因表达之间存在相关性。因此可以基于大样本的高通量数据进行表达相关性分析。 关于这些转录因子数据库的使用介绍,大家自行查找或看一下我的B站视频介绍,当然我网站上面也有一些数据库介绍。 https://www.jingege.wang/?s=%E8%BD%AC%E5%BD%95%E5%9B%A0%E5%AD%90 APP 地址: https://jingege.shinyapps.io/TF_predict/
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