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小白教程04:linux子系统直接安装Gromacs
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打开ubuntu终端,注意终端用户名前面有个“(base)”,说明系统自动调用anaconda。 此时敲gmx -h,结果显示调用的是anaconda环境中安装的Gromacs,还注明了来源是conda-forge,详见小白教程03。 敲conda deactivate,退出anaconda环境, 再敲gmx -h,系统提示找不到Gromacs了,这时我们可以在linux子系统中直接安装Gromacs。 在正式安装前,最好做一下update和upgrade免除后续的一系列烦恼: sudo apt update sudo apt upgrade 然后再安装Gromacs(该方法安装的Gromacs不带GPU加速): sudo apt install gromacs 安装完后再敲gmx -h,结果显示调用的是ubuntu系统中安装的Gromacs。该渠道安装的Gromacs文件散乱分布在“/usr”目录下,比如执行文件gmx在“/usr/bin”;各力场文件在:“/usr/share/gromacs/top”。 敲conda activate再次激活anaconda环境,再敲gmx -h,就会发现调用的又重新变成anaconda环境中的Gromacs了。简言之,开和不开anaconda环境对两个渠道安装的Gromacs调用的优先级是不一样的。 哪一种安装方法更好呢?在我看来两种安装方法都比较dirty,不如自己编译Gromacs来得严谨和优雅。不过两种安装方法好处是方便,适合初学者上来就用。 如果你不想保留linux子系统中直接安装的Gromacs,可在终端执行如下指令将其卸载掉: sudo apt remove gromacs
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