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【机读机译|文献速递】设计|蛋白质稳定性突变的计算与实验结合研究
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原文:Improved Prediction of Stabilizing Mutations in Proteins by Incorporation of Mutational Effects on Ligand Binding DOI: https://doi.org/10.1002/prot.26738 原文链接:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/prot.26738?af=R&sid=researcher&sid=researcher&utm_campaign=RESR_MRKT_Researcher_inbound&utm_medium=referral&utm_source=researcher_app 省流文稿: 酶的稳定性与自由能紧密相关,本研究探讨了如何通过结合计算方法和高通量实验数据来预测蛋白质的稳定突变。通过对CcdB蛋白折叠的吉布斯自由能变化的预测,ThermoMPNN在多种计算工具中表现最佳,尽管其预测的平均Tm增加仅为1°C。结合逻辑回归模型和酵母表面展示文库的MFI数据,研究进一步提高了稳定突变的预测精度,达到了90%。然而,当将这些方法应用于更复杂的靶标,如流感病毒的神经氨酸酶时,当前的吉布斯自由能变化的预测工具显示出明显的局限性。 通过结合实验数据和计算预测,研究提供了一种有效的方法,可以快速准确地识别出具有稳定性的突变。这对推进蛋白质工程,尤其是在开发蛋白质药物和疫苗方面具有重要的应用价值。然而,研究也表明,对于更复杂的蛋白质体系,仍需进一步优化吉布斯自由能变化的预测方法。
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