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「TBtools」树蜀黍!进化树实时可视化注释,我写的一个失败的功能
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四五年前,我写了一个叫 「TreeTreeTree」的功能,后续绘制了一些文稿中的图片后,基本我也没这么用。主要原因后很多,但我觉得这是一个非常失败的功能。前几天看到有一些公司技术在公开分享中用了 TBtools 的 掰弯热图 功能,其中掰弯后,说进化树位置会有问题,要点击一下屏幕才会恢复。事实上,这是一个我之前在优化 JIGplot 的时候引入了一个小问题。优化的本身是“绝对加速”。为什么有这个优化?因为这是前一个特性添加诱发的渲染速度变慢,因为当我们转换坐标体系,或者做图形元件重叠处理的时候,其实是在可视化出来之后,才知道他们是重叠的,于是才去修改他们。而这些元件对应的links需要使用的就是对应的元件的位置。也就是逻辑上需要刷新两道。以前不懂事,都是绘制后刷新,所以看起来links会错位,需要点击一下图片,才会正常恢复。这个恢复就会很慢,因为图像已经显示了,渲染上速度会极慢。以前我忍住了。后来在不断的优化过程中,我发现其实可以全部在后台搞定,于是修复了渲染慢的问题,引入了元件位置没及时更新的问题。当然现在全修复了。修复完了,我想着,以前「树蜀黍」的最大问题就是渲染慢,跟 Circos一样。现在既然修复了,就可以稍微再用起来。结果就是这个视频。当然,我还是觉得,这个功能,开发的真的挺失败,尽管理念是可以的。我其实想做的是,实时手动编写,实时可视化,这个看起来有点炫酷,但仔细想想,又没什么卵用。
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