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112,TCGA 单基因分析必备,一个代码完成正常组与肿瘤组差异分析,基因在临床的表达,基因结合临床的热图。
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112,TCGA 单基因分析必备,一个代码完成正常组与肿瘤组差异分析,基因在临床的表达,基因结合临床的热图。 方法描述参考: 使用R包:limma(数据处理)、ggplot2 和 ggpubr(可视化)、ComplexHeatmap(热图绘制)。 limma 包中的 avereps 函数对重复数据进行均值化处理,以确保数据质量,通过对数变换(log2(x+1))标准化,将样本划分为正常组(Normal)和肿瘤组(Tumor),使用 ggpubr 包中的 ggboxplot 函数生成箱线图,并通过 stat_compare_means 进行双组间的统计检验(Wilcoxon秩和检验)。将肿瘤样本按照基因表达中位数分为高表达组(High)和低表达组(Low),并结合临床数据进行分组卡方检验(Chi-squared test)。显著性水平与上述阈值一致,用于标记基因表达水平与各临床变量之间的相关性。使用 ComplexHeatmap 包生成热图。热图的行注释(annotation)为高低表达状态,列注释为临床变量。 显著性:p < 0.001 (""),0.001 ≤ p < 0.01 (""),0.01 ≤ p < 0.05 (""),p ≥ 0.05 ("ns")。
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