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利用RDA(R包vegan)的方法来识别基因环境关联位点
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参考教程:https://popgen.nescent.org/2018-03-27_RDA_GEA.html 代码链接:https://pan.baidu.com/s/18KXET8NFlJMFAeSUaMeNvw 提取码:6078
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利用R包lfmm(潜在因子混合模型)来识别基因环境关联位点;基因环境关联分析(GEA)
遗传偏移(局部)计算,利用R包gradientForest计算当前到未来种群的遗传偏移(R语言);梯度森林
利用R语言进行冗余分析和偏冗余分析,RDA&偏RDA分析
利用R包PCAdapt检测离群位点;适应性位点
利用R语言提取物种分布点的19个气候数据(未来气候数据),无需对未来气候图层进行拆分
利用R包(ENMeval)对maxent模型参数进行调优,视频演示及代码分享
超详细拆解复杂叶绿体基因组装结果;叶绿体基因组拆环;包含多个重复的组装结果拆环
利用R包“terra”对未来气候数据进行拆分和提取,以BCC-CSM2-MR_ssp126_2061-2080为例
利用plink对snp数据进行主成分分析(PCA);ggplot2绘制PCA图
利用R包gradientForest进行梯度森林分析,分析对等位基因频率影响最大的环境变量(非线性模型)
利用excel批量转换经纬度格式;十进制转度分秒&度分秒转十进制
利用遗传分化值的差异来筛选适应性位点
利用R包ENMTools进行生态位一致性检验(identity.test),生态位分化分析
利用arcgis绘制适生区分布中心偏移(质心迁移)图(分析实录),视频内容略显繁琐,细节不少
利用R语言提取物种分布点的19个气候数据,以及代码分享
刀切法(jackknife)检验结果可视化;maxent运行结果;ggplot2;R语言
叶绿体基因组拆环/解环;getorganelle&SPAdes组装结果处理
利用arcgis提取适生区;提取每个栅格的经纬度坐标,为遗传偏移计算做铺垫;栅格转点
此视频包含了大多数遗传结构地理分布图的绘制方法;R语言绘图添加自定义颜色;admixture/structure地理分布图绘制
利用excel做一张好看的柱状图,更直观去看不同时期适生区面积变化
适生区分布作图&适生区面积统计
利用admixture进行群体遗传结构分析(留记录)
maxent运行结果中响应曲线(Response curves)的绘制:SDM;ENM
全国主要山脉及水系(1-5级)shp文件分享
利用R包corrplot绘制热图,再使用AI进行聚类树和热图的组合
此视频的所有收益都用于我购买华为mate60pro:简化基因组(RAD)数据分析流程
admixture图&系统发育树组合图制作
利用R包LEA做遗传结构分析,速度比structure会快很多
基于arcgis,使用SDMtoolbox进行适生区收缩扩张(分析实录)
利用arcgis绘制单倍型地理分布图&导入文件演示
利用ggplot2绘制ROC曲线;基于maxent运行结果;ENM;SDM;物种分布模型;生态位模型
适应未来气候变化的野生林木种质资源挖掘与利用
利用shell脚本批量计算每个居群的等位基因频率(MAF)&利用R语言批量提取等位基因频率
组合地图制作(高分SCI必备),arcgis一键导出无需PS
网络分析-R语言实战
Maxent模型常用参数设置及参数含义解读
物种分布模型(SDM)结果的地图颜色选取(对高水平文章的颜色进行模仿)
genemarker软件分享
末次盛冰期(LGM);全新世中期(MH);末次间冰期(LIG)原始数据分享,具体包含内容视频中有演示
叶绿体基因组比对工具Gepard;可以用来判断组装结果分区方向是否正确