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使用geneXplain 平台在任何真核基因组中搜索转录因子结合位点
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微信公众号: geneXplain 该视频以 Komagataella Pastoris 基因组为例,演示了如何使用geneXplain 平台在任何真核基因组中搜索TFBS(转录因子结合位点)。 从本视频中,您将了解到: - 如何将新基因组上传到geneXplain平台(FASTA格式) - 如何上传各自的基因注释(来自 GTF 文件) - 以 Komagataella pastoris 基因组为例,如何选择负责糖酵解的基因子集(使用来自 BioCyc 数据库的信息) - 如何提取选定基因的启动子 - 如何在geneXplain 平台中执行轨道减法操作(在演示的示例中,此操作允许在结果轨道中仅留下不属于糖酵解途径的Komagataella pastoris 基因的启动子) - 如何在选定的轨道中执行 TFBS 搜索,以及如何使用 Yes 轨道(Yes 组基因)和 No 轨道(No 组基因)对 TFBS 进行优化搜索。结果,在演示的示例中,该操作允许找到位置权重矩阵(TFBS 模型),这些矩阵富含属于糖酵解途径的 Komagataella Pastoris 基因的启动子。 - 如何使用扩展的可视化选项可视化基因组浏览器中找到的位点
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