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RNA-seq 数据分析 (第一部分): 从FASTQ 文件到主要调节因子
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微信公众号: geneXplain 本视频是RNA-seq数据分析教程视频系列的第一部分 本操作示例已将乳腺癌三阴性细胞 MDA 231 中的基因表达与雌激素受体阳性细胞 MCF-7 中的基因表达进行了比较。用于该分析的 FASTQ 文件取自 Gene Expression Omnibus,GSE188914。参考原文献是PMID:35014681 分析的目的是鉴定乳腺癌三阴性细胞中的主要调节因子。 该视频作为第 1 部分。 向大家演示了MDA 231 细胞的三个 FASTQ 文件和 MCF-7 细胞的三个 FASTQ 文件上传到geneXplain 平台,并提交到平台中预设工作流。所选工作流包括处理 FASTQ 文件的子读取对齐、特征计数和 Limma voom 等方法。结果输出包含一个带有经计算的 LogFold Changes 和 P 值的基因表。 对生成的基因表的进一步处理,映射到 GO 术语、通路、疾病以及启动子分析和主调节因子的识别将在后续视频中演示。
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