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ChIP-seq 数据分析(第 2 部分)SNAIL-1 在 TRANSFAC 数据库
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微信公众号: geneXplain 在本系列视频的第 1 部分中,介绍了 GSE127183 中公开的 ChIP-seq 数据分析。该 ChIP-seq 数据集提供了结直肠癌细胞中 SNAIL-1 转录因子的体内结合区域。该视频演示了集成的 TRANSFAC + HumanPSD + TRANSPATH 数据库中的 SNAIL-1 基因座报告。在这里,我们展示了 SNAIL-1 转录因子作为基因和蛋白质的详细信息。首先,我们证明了 SNAIL-1 与几种肿瘤作为生物标志物的关联。已知它与大约 40 种不同的疾病有关,最常见的是胃、乳房、结肠直肠和前列腺肿瘤。 基因座报告的下一部分展示了 SNAIL-1 的组织和器官特异性表达。 已知 SNAIL-1 转录因子在几个启动子中与其位点结合,并且还在包括上皮到间充质转化在内的多个途径中发挥作用。值得注意的是,SNAIL-1 结合并调节其自身的启动子,从而形成一个短反馈回路。在 TRANSFAC 中收集了几个 SNAIL-1 矩阵。有几个因素可以调节 SNAIL-1 启动子,包括 EGR-1、AR、GLI-1、c-Jun、SRF、Smad-2、HIF-1。 接下来,回顾了 SNAIL-1 与几种 FDA 批准的药物和其他小分子的相互作用。 从基因座报告中,我们简要介绍了几种其他类型的报告,包括药物报告和途径报告以及 TRANSFAC 转录因子分类。 显示了 SNAIL-1 与不同蛋白质和 TF 相互作用的详细信息,其中 β-连环蛋白与 SNAIL-1 形成复合物,并且已知该途径在结肠癌中很重要。 我们回顾了 SNAIL-1 的翻译后修饰,包括修饰类型、修饰的氨基酸以及负责特定修饰的酶。 集成的 TRANSFAC + HumanPSD + TRANSPATH 数据库中的 Locus Report 有助于了解 SNAIL-1 的作用,并可以显着促进对生物信息学分析获得的结果的生物学解释。
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