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2023-10-12-文献汇报(沈恒祥)
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原文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-023-06510-w 蛋白质在所有细胞过程中都起着关键作用,其结构对于理解其功能和演化至关重要。基于序列的蛋白质结构预测的准确性不断提高,AlphaFold 数据库中提供了超过2.14亿个预测结构,而以这种规模研究蛋白质结构需要高效的方法。 文章开发了一种基于结构比对的聚类算法——Foldseek cluster,可以对数亿个结构进行聚类。使用这种方法,作者对 AlphaFold 数据库中的所有结构进行了聚类,识别出230万个非单体结构聚类,其中31%没有注释,代表可能是以前未描述的结构。没有注释的聚类只具有少量代表,仅覆盖 AlphaFold 数据库中所有蛋白质的4%。演化分析表明,大多数聚类具有古老的起源,但4%似乎是物种特定的,代表预测质量较低或新生基因的示例。
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