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iMeta | 浙江省农业科学院杨华/肖英平团队:鸭肠道微生物参考基因组及与肠道区域、发育阶段和饲养条件相关的菌群特征
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iMeta | 浙江省农业科学院杨华/肖英平团队:鸭肠道微生物参考基因组及与肠道区域、发育阶段和饲养条件相关的菌群特征 鸭肠道微生物参考基因组及与肠道区域、发育阶段和饲养条件相关的菌群特征 Duck gut metagenome reveals the microbiome signatures linked to intestinal regional, temporal development, and rearing condition DOI:https://doi.org/10.1002/imt2.198 发表时间:2024年5月14日 第一作者:马灵燕、吕文涛 通讯作者:卢立志(lulizhibox@163.com)、杨华(yanghua@zaas.ac.cn)、肖英平(xiaoyp@zaas.ac.cn) 合作作者:曾涛、汪雯、赵江潮、张国龙 主要单位: 浙江省农业科学院 阿肯色大学 俄克拉荷马州立大学 亮点 l 首次构建鸭肠道微生物组的基因集和宏基因装配基因组; l 鸭不同肠段微生物在分类及功能上展示了共性与特异性差异; l 鸭肠道微生物随着生长发育多样性增加,稳定性增强; l 水养模式下鸭肠道微生物脂多糖合成功能增强,病原菌和抗生素抗性丰度较高。 摘要 鸭肠道中栖息着大量微生物,与宿主免疫、营养以及其他生命活动紧密相关,在维持鸭健康和高效生产中扮演重要角色。在本研究中,我们收集了375个肠道内容物样本,涵盖了4个不同鸭种(野鸭、麻鸭、北京鸭、番鸭)、5个不同生长阶段(3、7、14、42和70日龄)、5个不同肠段(十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠)以及2种不同养殖模式(水养、旱养)。首先,构建了首个鸭肠道微生物基因目录,包含约2400万个基因,并组装了4437个宏基因装配基因组(MAGs)。分析了不同肠段微生物的分类学特征和功能,并跟踪了肠道微生物在鸭生长发育过程中的演替变化。宏基因组分析揭示了前肠和后肠微生物群落特征,以及不同肠段之间微生物群落及功能的差异。鸭肠道微生物随着生长发育多样性增加,稳定性增强,反映出宿主成熟过程中肠道微生物群落的逐渐稳定和成熟。此外,通过比较不同养殖条件对鸭盲肠微生物群落及其功能的影响,发现在水养模式下,鸭肠道微生物的脂多糖生物合成能力增强,病原菌和抗生素抗性基因丰度增加。综上所述,我们的研究结果拓展了对鸭肠道微生物在肠段特定区域的分类学和功能上的理解,揭示了其在不同生长阶段的发展情况,以及受饲养条件影响的微生物组变化,突显了肠道微生物在家禽健康和生产中的重要作用。
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