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Coffee break with TRANSFAC (25)_组织特异性转录因子靶基因的鉴定
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该视频是2024年5月21日举行的“与TRANSFAC的第二十五次咖啡休息”现场会议的记录。 本次活动由geneXplain GmbH首席执行官Alexander Kel博士主持。 这一系列名为“TRANSFAC 的咖啡休息”的定期活动的目的是为我们的观众提供有关应用生物信息学领域的问题的答案。 在本次网络研讨会中,Alexander Kel 教授博士将与您分享基因调控机制的最新有趣见解。他将演示如何使用 TRANSFAC 数据库及其 MATCH Suite 工具进行组织特异性基因调控分析并找到丰富的基序。 您可以在 https://genexplain.com/ask 找到有关“TRANSFAC 喝咖啡休息”计划的更多信息。 本次会议中解决的问题列表及其时间代码: 01:42 如果您有一份正在研究的基因列表,并且这些基因在特定组织中表达,哪些转录因子在调节它们? 02:39 心肌人造组织构建示例 (GSE 261628) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/quer... 心肌细胞与成纤维细胞与心肌细胞与成纤维细胞和巨噬细胞的 RNA 测序 04:55 寻找上调基因并分析其启动子 06:58 基因启动子分析,重点关注其表达模式 11:11 登录geneXplain平台 13:50 上传包含基因计数的 Excel 文件,用于识别 DEG 16:57 使用 TRANSFAC 分析所选基因的调控区域(启动子分析) 23:48 观察在所研究基因的启动子中发现的丰富基序。 位点富集和序列富集。 26:37 通过应用基因表达过滤器查找与找到的基序相对应的实际 TF(重点关注心肌表达) 30:36 MATCH Suite 基因集分析 - 界面概述 31:40 – 以 IRF 因子为例,同一家族中不同类型的 TF 及其结合基序的相似性。 它们在不同组织中的表达水平存在差异。 34:34 使用 MATCH Suite 构建组织特异性基因集 38:42 MATCH Suite 中的基因集分析结果概述 45:45 特定于 GO 术语特定子集的主题的热图可视化 49:51 可以使用 TRANSFAC 数据库对其他生物体(非人类)进行分析吗? GeneXplain 平台中模式生物的分析。 53:06 在显示的表格中,我们看到多个矩阵与一个因素相关联。 这该如何解释呢? 是否可以有两个或多个主题与特定因素相关? 58:58 Genome Enhancer 和 TRANSFAC 数据库简要概述 #bioinformatics#SystemsBiology#geneXplain #TRANSFAC #CoffeeBreakWithTRANSFAC #GeneRegulation #Transcription #TranscriptionRegulation #TranscriptionFactors #Genes #research#Biology #PromoterAnalysis #TFBS #TranscriptionFactor #DNA#BindingMotif #JASPAR #HOMER #MATCH #HOCOMOCO#FASTA #TranscriptionFactorBindingSite #freeseminar #QandA #seminar #webinar #freewebinar #生物信息学 #系统生物学 #咖啡时间 #化学信息学 #研讨会 #网络研讨会 #DNA #转录 #转录调控 #位置权重矩阵 #位点模型 #遗传学 #基因学 #科学 #癌症研究 #通路分析 #启动子分析 #主调节因子 #变异 #位点增益 #位点丢失
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