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咖啡时间12_ 如何在ATAC-seq峰中找到TRANSFAC基序
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本视频记录了 2023 年 11 月 30 日举行的 "第十二次 TRANSFAC 茶歇 "线上研讨会。活动由 geneXplain GmbH 首席执行官 Alexander Kel 博士主持。以下附上Youtube频道中的视频链接,同学们可以在我们的Youtube频道观看更多学术视频。https://youtu.be/HQJzXEV8JAI "与 TRANSFAC 共进咖啡时间 "的系列活动旨在为听众解答有关应用生物信息学领域的问题。有关 "与 TRANSFAC 共进咖啡时间 "活动的更多信息,也可访问geneXplain官网 https://genexplain.com/ask。 本视频中探讨的问题列表及其时间戳: 00:37 - ATAC-seq 数据是什么? 04:18 - 如何分析 ATAC-seq 数据 06:50 - 上游分析的一般方法 11:23 - ATAC-seq 数据分析算法,峰值调用方法 13:53 - 急性髓性白血病细胞系的 GSE226670 数据集:RNA-seq 和 ATAC-seq 的综合性分析,专门用于 BPTF 基因敲除与其wild type的比较 18:13 - 使用 geneXplain 平台分析 GSE226670 ATAC-seq 和 RNA-seq 数据 19:17 - 使用 SRA ID 将 SRA 数据上传到 geneXplain 平台 21:21 - 在 geneXplain 平台中将 FASTQ 文件映射到基因组(使用 Bowtie2) 22:59 - 在 geneXplain 平台的基因组浏览器上可视化 BAM 文件 24:24 - 使用 MACS2 从 geneXplain 平台中的 BAM 文件进行峰值调用 27:43 - 搜索转录因子结合位点(TFBS);在 ATAC-seq 峰区搜索富集的 TFBS 29:42 - 将一个实验中的所有峰值统一起来(连接轨迹的功能) 31:33 - 从野生型细胞中寻找基因敲除实验中不存在的峰值(geneXplain 平台的交叉轨迹功能) 32:41 - 在 geneXplain 平台上进行表观基因组学数据分析:使用 TRANSFAC 进行位点搜索(https://lnkd.in/eHCtb7hf))) 36:06 - 位点搜索结果的可视化及其阐释 44:00 - Genome Enhancer 应用程序用于集成 ATAC-seq 和 RNA-seq 数据分析和分析启动 48:56 - Genome Enhancer 分析报告。富集的转录因子和关键主调节因子。来自wild type细胞的峰值与上调基因的交集 54:57 - YY1(阴阳)结合位点平衡;具有争议性调控功能的阴阳因子 58:40 - TFBS 分析后的下一步:基因组增强子报告中的主调节因子和前瞻性药物概述 #bioinformatics #SystemsBiology #geneXplain #TRANSFAC#CoffeeBreakWithTRANSFAC #GeneRegulation#Transcription #TranscriptionRegulation#TranscriptionFactors #Genes #research #Biology#PromoterAnalysis #TFBS #epigenomics #transcriptomics#RNA-seq #TranscriptionFactor#TranscriptionFactorBindingSite #ATAC #ATACseq #HISAT2#RNASeq #MACS #AcuteMyeloidLeukemia #AML #webinar#freewebinar
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