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咖啡时间15_如何找到组织特异性 TF 靶基因?
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该视频是 2024 年 2 月 6 日举行的“第十五次 TRANSFAC 茶歇” 线上研讨会现场会议记录。 活动由 geneXplain GmbH 首席执行官 Alexander Kel 博士主持。以下附上Youtube频道中的视频链接,同学们可以在我们的Youtube频道观看更多学术视频。https://www.youtube.com/watch?v=TIiDraVhEeE "与 TRANSFAC 共进咖啡时间 "的系列活动旨在为听众解答有关应用生物信息学领域的问题。有关 "与 TRANSFAC 共进咖啡时间 "活动的更多信息,也可访问geneXplain官网 https://genexplain.com/ask。 本次 "TRANSFAC 茶歇 "将专门讨论以下关键问题: - 如何找到组织特异性 TF 靶基因列表? - 保守的TF 结合位点,它们有多重要? - PWMs,仅此而已?还有其他更多可以探讨的吗? 本次会议中讨论的问题及其时间代码: 0:44 如何找到NFkB转录因子的所有靶基因? 线索:在哪个组织中? 02:17 MEF-2A转录因子及其表达谱 04:20 哪些 TF 正在调节我在肌肉组织中专门表达的基因 05:42 MATCH Suite 基因集分析启动 09:41 MATCH Suite基因集分析结果概述 22:57 MATCH Suite 基因集分析报告概述 26:31 组织特异性基因调控 28:30 TFClass 转录因子分类 30:50 来自一个家族的转录因子的表达模式 33:55 在 MATCH Suite 中构建组织特异性基因集 36:26 MATCH Suite 中 GO 术语的基因列表优化 41:39 MATCH Suite 生成的 GO 术语和 TF 主题热图 44:55 GeneXplain 平台界面的 MATCH Suite 结果概览 48:41 在我的研究领域(植物发病机制),Jaspar 中的转录因子不够。 当数据库中没有经过实验验证的 TF 时,我可以继续处理此类物种吗? 52:31 我们发现了一种未知的锌指蛋白,是否可以使用你们的工具来预测目标基因? 55:20 有转录因子的交叉参考数据库吗? 57:29 如果我们正在分析 TF 基因并要在该生物体的基因组中找到该 TF 的下游基因。 如何识别下游基因? (观看另一个视频,演示如何找到一个转录因子的所有 TFBS。https://www.youtube.com/watch?v=jVaUBxSulYs&t=0s) #bioinformatics #SystemsBiology #geneXplain #TRANSFAC #CoffeeBreakWithTRANSFAC #GeneRegulation #Transcription#TranscriptionRegulation #TranscriptionFactors #Genes #research#Biology #PromoterAnalysis #TFBS #TranscriptionFactor #DNA#BindingMotif #JASPAR #HOMER #MATCH #HOCOMOCO#FASTA #TranscriptionFactorBindingSite #freeseminar #QandA #seminar #webinar #freewebinar #生物信息学 #系统生物学 #咖啡时间 #化学信息学 #研讨会 #网络研讨会 #DNA #转录 #转录调控 #位置权重矩阵 #位点模型 #遗传学 #基因学 #科学 #癌症研究 #通路分析 #启动子分析 #主调节因子 #变异 #位点增益 #位点丢失
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咖啡时间17_模式生物的启动子分析
咖啡时间14_ 2024年第一次TRANSFAC调研
使用 Genome Enhancer 从基序到通路和主调控因子 (RNA-Seq + ChIP-Seq) - 第 1 部分
Coffee break with TRANSFAC (25)_组织特异性转录因子靶基因的鉴定
咖啡时间20_免费的geneXplain 平台帐户的功能
咖啡时间22_植物的启动子分析
咖啡时间21_TRANSFAC 分析
咖啡时间18_MATCH Suite 软件演示
Coffee break with TRANSFAC (24)_分析表观基因组学和转录组学数据
咖啡时间19_DNA和您收入的关系
能帮我把基因延续下去吗?
咖啡时间13_如何在 ATAC-seq 峰中找到 TRANSFAC 基序(第二部分)
Coffee break with TRANSFAC (27)_组织特异性转录因子靶基因的鉴定
geneXplain 软件新版发布啦 []~( ̄▽ ̄)~*
基因增强子分析 (2) 用 Fantom5 数据库分析组织或细胞类型特异性启动子
(第二部分)使用 geneXplain 平台进行 RNA 测序数据分析——FASTQ 数据分析结果可视化
9月13日BC2在线研讨会 "BioNetVisA":生物学和医学中的生物网络重建、数据可视化和分析
geneXplain 公司简介
网络研讨会: geneXplain 分析平台,如何在差异表达基因的启动子中寻找转录因子结合位点
BRENDA 酶数据库 -- 代谢途径图
geneXplain 的生物信息学,系统生物学,系统医学,化学信息学解决方案
基因调控研究的金标准 TRANSFAC 2.0 的全新用户界面
亲历身体断崖式垮掉:在衰老和基因面前,运动、饮食和作息,不堪一击!LI道长的躺平日常
乳糖操纵子的开关组合机制
geneXplain 2021年第一季度重大新版发布公告
组织特异性检索 -- 以哮喘病为例,应用MATCH SUITE 对肺组织特异性生物标记进行逐步检索
geneXplain® platform--多组学高通量数据的分析平台
咖啡时间12_ 如何在ATAC-seq峰中找到TRANSFAC基序
哮喘病的组织特异性检索报告 -- MATCH SUITE 对肺组织特异性生物标记检索后生成的报告示例
网络研讨会: 运用计算机辅助策略从死后 HIV+ 脑标本中恢复基因活性谱
应用 geneXplain platform 注释基因表
转录因子结合位点组合分析
多组学数据分析平台 geneXplain platform 英文介绍如何注册免费账号以及平台的操作界面
咖啡时间11_ 如何在 ATAC-seq 峰中找到 TRANSFAC 基序
关于应用表观遗传标记和计算机分析策略研究HIV+ 脑标本基因活性谱的网络研讨会
(第四部分)使用 geneXplain 平台进行 RNA 测序数据分析——上游分析以识别主调控分子
geneXplain Q&A 系列视频 (1) 如何申请转录因子数据库,蛋白质组学数据库,以及组学相关分析软件的免费试用
使用geneXplain平台进行转录因子分析, 操作示例(3): 分析ChIP-seq峰
BRENDA 酶数据库 - 如何进行酶的检索
(第一部分)使用 geneXplain 平台进行 RNA 测序数据分析——无需编码的生物信息学