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咖啡时间19_DNA和您收入的关系
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该视频是2024年4月2日举行的“第十九届TRANSFAC 茶歇”现场会议记录,以下是Youtube上的原视频链接:https://www.youtube.com/watch?v=AnTP-TC8Dxc&t=1s 本次活动由geneXplain GmbH首席执行官Alexander Kel博士主持。 "与TRANSFAC 共进咖啡时间 "的系列活动旨在为同行业学者们解答有关应用生物信息学领域的问题。 有关 "与 TRANSFAC 共进咖啡时间 "活动的更多信息,也可访问geneXplain官网 https://genexplain.com/ask。 本次“与 TRANSFAC 一起喝咖啡休息”主题及其时间戳是: 00:00 你的收入水平写在你的DNA里了吗? 00:23 Nature 论文中的数据集显示了 120 个与收入相关的 SNP 及其重要性(Hill, W.D.、Davies, N.M.、Ritchie, S.J. 等人。全基因组分析识别了与收入相关的分子系统和 149 个遗传位点。Nat Commun 10, 5741 (2019)。https://www.nature.com/articles/s4146...) 08:40 将收入相关的 SNP 上传至 Genome Enhancer 13:20 SNP 带来的站点增益和站点损失 19:25 使用 TRANSFAC 搜索 TFBS。 SNP 对 TFBS 的影响。 分数差异。 21:31 SNP 周围区域的基序富集分析 23:40 选择基因,其表达受所研究的 SNP的调节 26:46 将 SNP 表转换为基因组中的位置。 使用geneXplain平台内的Liftover方法将SNP从hg19构建转换为hg38构建 30:30 将 SNP 列表转换为基因列表(选择“附近”基因,但远处的增强子怎么样?) 34:44 根据不同组织中的表达值对所选基因进行功能分类 39:52 最终基因列表:哪些 SNP 可以影响已知在大脑中表达的附近基因的表达 40:25 基因组增强器:分析启动 43:00 基因组增强器:探索分析报告 44:48 SNP 如何影响 TFBS; 站点增益和站点损失 p 值 46:48 主监管机构图解读(与收入相关的SNP的主监管机构) 49:25 信任也受催产素调节吗? 53:33 GWAS 通常讲述“协作”SNP 导致特定性状。 TF 能否形成这种 SNP/性状相互作用的“基础”? geneXplain 可以预测这些 TF 的特殊性吗? 58:00 当我们查看 SNP 和基因时,是否只考虑过度表达基因中出现的 SNP,还是低表达基因中 SNP 的百分比也很重要? (就像这里讨论的案例中的脑组织) 01:01:56 在另一项研究中发现与教育程度相关的 SNP 似乎分布在基因组中,但在与收入相关的 SNP 中,它们似乎聚集在一个区域,并且与较少数量的基因相关 https://www.youtube.com/watch?v=crGr3RWuYuM&t=0s https://www.youtube.com/watch?v=vmx1jjcMTdU&t=0s #bioinformatics #SystemsBiology #geneXplain #TRANSFAC #CoffeeBreakWithTRANSFAC #GeneRegulation #Transcription #TranscriptionRegulation #TranscriptionFactors #Genes #research#Biology #PromoterAnalysis #TFBS #TranscriptionFactor #DNA#BindingMotif #JASPAR #HOMER #MATCH #HOCOMOCO#FASTA #TranscriptionFactorBindingSite #freeseminar #QandA #seminar #webinar #freewebinar #生物信息学 #系统生物学 #咖啡时间 #化学信息学 #研讨会 #网络研讨会 #DNA #转录 #转录调控 #位置权重矩阵 #位点模型 #遗传学 #基因学 #科学 #癌症研究 #通路分析 #启动子分析 #主调节因子 #变异 #位点增益 #位点丢失
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咖啡时间18_MATCH Suite 软件演示
咖啡时间22_植物的启动子分析
咖啡时间16_模式生物的启动子分析
多组学分析平台 geneXplain platform-- Microarray 微阵列分析操作示例
TRANSFAC数据库 Match Tool 视频: 如何预测特定基因启动子中的转录因子结合位点?(以VEGFA基因为例)
咖啡时间11_ 如何在 ATAC-seq 峰中找到 TRANSFAC 基序
咖啡时间12_ 如何在ATAC-seq峰中找到TRANSFAC基序
咖啡时间15_如何找到组织特异性 TF 靶基因?
第十次茶歇会议记录——从TF到Pathway的路径
咖啡时间6: 如何用 TRANSFAC 分析癌症的基因突变
转录因子结合位点组合分析
COVID-19 –使用Genome Enhancer在线探索潜在的药物靶标和治疗方法
geneXplain 数据库和分析平台软件 2023-1 新版发布公告
geneXplain 公司简介
BRENDA 酶数据库 -- 代谢途径图
咖啡时间8 世界脑肿瘤日专题: 转录因子如何调控其靶基因
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ChIP-seq 数据分析(第 1 部分)富集转录因子结合位点的鉴定
geneXplain 2021年世界癌症研究日开放日的视频记录之 -- MATCH SUITE 介绍
网络研讨会: 运用计算机辅助策略从死后 HIV+ 脑标本中恢复基因活性谱
最新消息: geneXplain 推出 classroom license
咖啡时间7: TRANSFAC 对不同模式生物的应用
geneXplain 平台中的 RNA-seq 预处理:读取对齐
应用 geneXplain platform 注释基因表
geneXplain 的生物信息学,系统生物学,系统医学,化学信息学解决方案
应用生物信息学讲座03: 寻找代谢通路
TRANSFAC转录因子数据库预测转录因子结合位点的应用实例
使用geneXplain平台进行转录因子分析, 操作示例(3): 分析ChIP-seq峰
geneXplain 平台中的 RNA-seq 预处理:质量控制
COVID-19挑战:采用计算机方法在十亿个分子中发现潜在的抗SARS-CoV-2药物
基因调控研究的金标准 TRANSFAC 2.0 的全新用户界面
咖啡时间3 :TRANSFAC在线问答 (MATCH Suite筛选最佳转录因子结合位点)
使用geneXplain平台进行转录因子分析, 操作示例(2): 将转录因子结合位点列表转换为相应转录因子列表
geneXplain 网站的免费资源介绍 -- 转录因子分类列表 TFClass
多组学数据分析平台 geneXplain platform 英文介绍如何注册免费账号以及平台的操作界面
COVID-19挑战:当前和新兴药剂的生物活性谱中的已知和未知
geneXplain 多组学数据分析平台,如何进行上传数据
2021年5月19日德国新冠肺炎疫情的最新情况
多组学数据分析平台 geneXplain platform 导览
Emily分享在德国感染新冠病毒及其康复过程的感受