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在geneXplain平台对受教育程度 SNP 进行分析
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微信公众号: geneXplain 上一期的视频,Alexander Kel 博士展示了如何使用 TRANSFAC 数据库和机器学习技术来分析与教育程度相关的监管 SNP。发现了与良好学习技能表型相关的几种途径。在这段视频中,Kel 博士展示了如何使用geneXplain 的工具来获得这些结果,以及如何使用geneXplain 平台对调节性SNP 进行分析。 在本期视频中,Kel 博士在geneXplain 平台为: - 通过 p 值对带有 SNP 的表格进行排序和过滤 - 跟踪可视化(SNP 映射到基因组) - SNP侧翼区域提取 - 随机基因组区域的生成 - 使用搜索 TFBS(转录因子结合位点) 来自 TRANSFAC 数据库的 PWM(位置权重矩阵);优化 profile(矩阵集合)构造 - 使用 MEALR 模型搜索 TFBS 的组合 - 将 PWM 转换为转录因子 (TF) 基因并返回。 - 带有基因名称的 TFs 注释 - 识别在 给定的基因列表 - 通路可视化 - 从一组给定矩阵创建配置文件 - 基因组浏览器可视化
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ChIP-seq 数据分析(第 1 部分)富集转录因子结合位点的鉴定
使用 TRANSFAC 数据库分析与教育程度相关的 SNP
TRANSFAC 转录因子数据库 -- 运用 MATCH 工具在基因序列的启动子区查找转录因子结合位点
geneXplain 平台中的 RNA-seq 预处理:读取对齐
geneXplain 平台中的 RNA-seq 预处理:质量控制
ChIP-seq 数据分析(第 2 部分)SNAIL-1 在 TRANSFAC 数据库
使用geneXplain平台分析靶标和主要调节因子
geneXplainR:geneXplain 平台的 R 接口
使用geneXplain平台进行转录因子分析, 操作示例(3): 分析ChIP-seq峰
使用geneXplain 平台在任何真核基因组中搜索转录因子结合位点
使用geneXplain平台进行转录因子分析, 操作示例(2): 将转录因子结合位点列表转换为相应转录因子列表
使用geneXplain平台进行转录因子分析, 操作示例(1) 使用 TF 分类映射基因列表
调控 SNP 分析的概念,揭示转录因子获得和丢失的结合位点
咖啡时间5: 如何进行SNP的数据分析
TRANSFAC数据库 Match Tool 视频: 如何预测特定基因启动子中的转录因子结合位点?(以VEGFA基因为例)
主要转录调节因子介导的信号在胃肠道疾病进展和治疗反应中的作用 -- 研讨会录制视频
Genome Enhancer -- 从原始组学数据到个性化的药物靶点和治疗
geneXplain 系列产品 2021.3新版发布
咖啡时间4: De Novo motif 是什么?如何进行De Novo motif 检索?
应用生物信息学讲座02: 生物网络的类型
咖啡时间(1) 在线解答是否可直接用基因序列检索转录因子结合位点
TRANSFAC 用于识别复合模块 - 转录因子结合位点的组合
使用 Genome Enhancer 从基序到通路和主调控因子 (RNA-Seq + ChIP-Seq) - 第 1 部分
2022 年第一季度 geneXplain 系列产品新版发布
RNA-seq 数据分析 (第一部分): 从FASTQ 文件到主要调节因子
使用 RNA-seq 和整合的启动子和通路分析作为个性化选择癌症治疗的手段
geneXplain 平台中的 RNA-seq 预处理 -- 读取量化
咖啡时间7: TRANSFAC 对不同模式生物的应用
多组学分析平台 geneXplain platform-- Microarray 微阵列分析操作示例
网络研讨会视频: NF-kB通路分析和小分子搜索
最新消息: geneXplain 推出 classroom license
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如何在基因集中找到一种转录因子的转录因子结合位点
咖啡会友第二弹,基于PWM的 DNA 转录因子结合位点预测等TRANSFAC相关问题的在线答疑
应用生物信息学讲座04: 小世界拓扑
咖啡时间8 世界脑肿瘤日专题: 转录因子如何调控其靶基因
基因调控研究的金标准 TRANSFAC 2.0 的全新用户界面
从FASTQ 文件到主要调节因子, RNA-seq 数据分析 (第二部分): 分析工作流输出文件 BAM
如何计算转录因子结合亲和力
咖啡时间3 :TRANSFAC在线问答 (MATCH Suite筛选最佳转录因子结合位点)