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Blast2GO模块去哪了
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Blast2GO是一款面向生物学家的集成解决方案,用于基于基因本体词汇表对DNA或蛋白质序列进行高通量和自动功能注释的软件。Blast2GO通过精心设计的算法优化同源序列的功能转移,该算法考虑相似性、同源性扩展、选择的数据库、GO层次结构以及原始注释的质量。该工具包括用于注释结果的可视化、管理和统计分析的众多功能,包括基因集富集分析。该应用程序支持InterPro、enzyme codes、KEGG途径、GO有向无环图(DAG)和GOSlim。Blast2GO因其多功能性、安装简便且使用友好而成为植物基因组学研究的合适工具。相信很多生物工程师对这个软件十分熟悉。 Blast2GO是BioBam开发的产品,适用于(但不限于)非模式物种且用户友好,只需很少的生物信息学工作即可运行。Blast2GO原先作为一个独立的模块,现在已经并入到OmicsBox的功能分析模块中。 Blast2GO在基因组学和蛋白组学中的应用 1.利用带有Blast2GO功能模块进行全基因组功能注释,我们可以对基因组从头测序的CDS序列进行功能注释。 1)通过BLAST进行序列比对; 2)通过InterProScan进行域搜索; 3)使用EggNOG-Mapper进行直系同源组搜索; 4)基因本体图谱。 2.利用带有Blast2GO功能模块为差异表达数据进行富集分析。 3.利用带有Blast2GO功能模块为蛋白进行功能注释与富集分析。
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