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一节课让你学会使用Mascot进行TopDown蛋白质数据分析
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蛋白质质谱法是指使用质谱法对蛋白质进行研究和表征,包括蛋白质的定量、分析、相互作用作图和翻译后修饰的鉴定。蛋白质质谱法也可以称为基于质谱的蛋白质组学。基于质谱的蛋白质组学包括三种方法:自上而下(top-down,TD)、自中而下(middle-down,MD)和自下而上(bottom-up,BU)的蛋白质组学。 本次讲座聚焦于TD蛋白质组学的数据分析。TD技术以完整蛋白质为对象,"上"指准确测定分子质量,"下"通过串联质谱实现碎裂。TD法产生的质谱数据复杂,包含高电荷、大质量离子碎片,碎片重叠增加,修饰位点更多,不同修饰组合导致蛋白质变体预测增多。相较于BU肽段的数据处理,完整蛋白质的谱图更为复杂,数据处理更具挑战。 Mascot的特殊版本"Mascot Top Down"限制在110kDa,自动用于母离子质量大于16kDa的搜索,小于16kDa的自下而上搜索不受影响。 康昱盛是Mascot在中国的独家代理与技术支持机构,本期康昱盛将分享Top-Down蛋白质组学数据策略,包括数据上传、峰提取参数、搜索参数设置和结果导出,助您熟练运用Mascot软件解决Top-Down蛋白质组学挑战。
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