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咖啡时间6: 如何用 TRANSFAC 分析癌症的基因突变
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微信公众号: geneXplain 本视频是 2023 年 4 月 25 日举行的“与 TRANSFAC 的第六次咖啡时间”现场会议的记录。 该活动由 geneXplain GmbH 首席执行官 Alexander Kel 博士主持。 这一系列名为“与 TRANSFAC 的咖啡时间”的周期性活动的目的是为我们的听众提供有关应用生物信息学领域的问题的答案。 您可以在 https://genexplain.com/ask 上找到该活动的更多信息 本次会议中解决的问题列表及其时间代码: 0:00 Splash screen 0:03 Introduction 00:23 Mutations in cancer: how to analyze them using TRANSFAC? 14:38 Introduction to Genome Enhancer - an automatized pipeline for multi-omics data analysis. Analysis of cancer mutations using Genome Enhancer 19:45 Lung cancer cell lines analysis using Genome Enhancer. 29:54 By which authority is Genome Enhancer certified for application to patient data in hospital? 31:33 Mutations located in non-coding regions of genes: can they destroy or create TFBS? 38:46 Can we predict the effect of these gene mutations on drug binding to targets? 43:17 Analysis of binding sites compositions: search for co-factors – transcription factor binding sites (TFBS) working together. Identification of TFBS compositions around clusters of mutations when compared to regions without mutations. 47:46 Switch to the geneXplain platform perspective: a more detailed view on results produced by Genome Enhancer pipeline in regards to the TFBS analysis 55:36 Brief overview of the next sections of Genome Enhancer report: pathway analysis, identification of master-regulators in networks and selection of prospective drug targets and associated treatments
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