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第九次 TRANSFAC 茶歇——现场会议记录
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该视频是 2023 年 9 月 19 日举行的“第九次 TRANSFAC 茶歇”现场会议记录。该活动由geneXplain GmbH 首席执行官 Alexander Kel 博士主持。 这一系列名为“TRANSFAC 的咖啡休息”的定期活动的目的是为我们的观众提供有关应用生物信息学领域的问题的答案。 您可以在 https://genexplain.com/ask 找到有关“TRANSFAC 喝咖啡休息”计划的更多信息。 本次会议视频中解决的问题及其时间戳为: 00:00 启动画面 00:20 基因调控网络 - 它们是什么以及如何构建它们 21:12 MATCH Suite 和基于转录因子结合位点预测的基因调控网络 27:35 MATCH Suite结果可视化:在Jupiter笔记本中使用Python构建基因调控网络(geneXplain平台API) 40:42 可以从哪个在线软件获得转录因子的序列? 50:30 TRANSFAC 可以应用于其他物种吗? 果蝇还是植物? 有什么限制?
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咖啡时间11_ 如何在 ATAC-seq 峰中找到 TRANSFAC 基序
TRANSFAC转录因子数据库预测转录因子结合位点的应用实例
TRANSFAC数据库 Match Tool 视频: 如何预测特定基因启动子中的转录因子结合位点?(以VEGFA基因为例)
第十次茶歇会议记录——从TF到Pathway的路径
咖啡时间14_ 2024年第一次TRANSFAC调研
咖啡时间6: 如何用 TRANSFAC 分析癌症的基因突变
咖啡时间18_MATCH Suite 软件演示
转录因子结合位点组合分析
咖啡时间7: TRANSFAC 对不同模式生物的应用
通过基因组学的研究寻找潜在的药物目标
Coffee break with TRANSFAC(26)_组织特异性转录因子靶基因的鉴定
咖啡时间21_TRANSFAC 分析
TRANSFAC®位点中的调节性单核苷酸多态性。 重症COVID-19患者与无症状患者的对比。
咖啡时间3 :TRANSFAC在线问答 (MATCH Suite筛选最佳转录因子结合位点)
咖啡会友第二弹,基于PWM的 DNA 转录因子结合位点预测等TRANSFAC相关问题的在线答疑
使用 TRANSFAC 公共版、TRANSFAC 专业版 和 JASPAR 对 COVID-19 实验组数据进行 SNP 分析
Alexander Kel 博士为庆祝TRANSFAC 30周年所创作的歌曲 -- TRANSFAC Chastushki
TRANSFAC+HumanPSD+TRANSPATH 数据库 miRNA 特征和 miRNA 报告概述
TRANSFAC 工具包的应用示例 -- 数据库检索
TRANSFAC 用于识别复合模块 - 转录因子结合位点的组合
ChIP-seq 数据分析(第 2 部分)SNAIL-1 在 TRANSFAC 数据库
使用 TRANSFAC 数据库分析与教育程度相关的 SNP
geneXplain数据库 2021-2 新版发布:隆重介绍 TRANSFAC 2.0新界面
TRANSFAC 转录因子数据库 -- Matrix report 矩阵报告概览
RNA-seq 数据分析 (第一部分): 从FASTQ 文件到主要调节因子
使用 Genome Enhancer 从基序到通路和主调控因子 (RNA-Seq + ChIP-Seq) - 第 1 部分
转录因子数据库 TRANSFAC 的分析示例: 检索分析 Transcription Factors -- Nr4a1
TRANSFAC转录因子数据库用户界面以及数据库的检索操作简介(英文)
咖啡时间4: De Novo motif 是什么?如何进行De Novo motif 检索?
年轻脑脊液通过 Fgf17 恢复老年小鼠少突胶质细胞生成记忆 (研讨会录制视频)
geneXplain 平台中的 RNA-seq 预处理 -- 读取量化
TRANSFAC 转录因子数据库 FMatch工具 的 ATAC-seq 分析示例
TRANSFAC平面文件下载版:位置权重矩阵 (PWMs),转录因子结合位点预测
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TRANSFAC数据库--转录调控领域的金标准
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从FASTQ 文件到主要调节因子, RNA-seq 数据分析 (第五部分): 启动子分析
geneXplain 平台中的 RNA-seq 预处理:质量控制
DNA基序的鉴定 -- geneXplain 平台操作练习 3: 使用 TRANSFAC 识别启动子中的富集基序
咖啡时间8 世界脑肿瘤日专题: 转录因子如何调控其靶基因