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结构生物学中一种新的几何工具——主干自由能估计
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https://www.youtube.com/watch?v=WWwMf8Nd494 2020年6月26日 Special IHES/MPIM colloquium Lecture notes: https://nextcloud.ihes.fr/index.php/s/BiSDn4mr4aqndso Boards : https://nextcloud.ihes.fr/index.php/s/pSSn79j8qGdZ22j#pdfviewer Abstract: Hydrogen bonds stabilize the 3-dimensional structures of most proteins. In the aqueous environment, they lie at the edge of stability and hence are easily formed and broken, especially those with high free energy. Using a Boltzmann-like formalism, empirical sampling of their geometry leads to free energy estimates, thus allowing a priori prediction of protein regions primed for structural rearrangement. One among diverse applications involves viral glycoproteins or capsids, namely those proteins employed by viruses to attach to and fuse with or penetrate the host cell. Here the methods are used to identify sites of interest for vaccine/drug/testing development, in particular for the SARS CoV-2 spike glycoprotein that causes COVID-19. All this will be explained from first principles.
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