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咖啡时间23_应用编程接口 (API)
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该视频是2024年4月30日举行的“与TRANSFAC的第二十三次咖啡休息”现场会议的记录。 本次活动由geneXplain GmbH首席执行官Alexander Kel博士主持。 这一系列名为“TRANSFAC 的咖啡休息”的定期活动的目的是为我们的观众提供有关应用生物信息学领域的问题的答案。 在本次网络研讨会中,geneXplain GmbH 的首席执行官兼 CSO Alexander Kel 博士与Kamilya Altynbekova教授将讨论什么是 API、何时使用 API 以及 API 为您的分析管道提供哪些优势。 您可以在 https://genexplain.com/ask 找到有关“TRANSFAC 喝咖啡休息”计划的更多信息。 本次会议中解决的问题列表及其时间代码: 00:21 为什么需要使用 TRANSFAC 来分析任何东西? 为什么需要预测 TFBS? 02:57 从头开始 TRANSFAC 分析:TRANSFAC 数据库概述 10:00 观察geneXplain平台工具 17:47 上传基因列表到geneXplain平台 23:35 转录因子、它们的结合位点和预测模型 31:14 TRANSFAC DB 是否包含有关特定 TF(指适配器、共激活器)的所有三层数据? 33:08 基序扫描:如何计算分数(独立计算的每个核苷酸的贡献总和(如 HOMER 中)与每个核苷酸的贡献总和乘以信息向量(如 MATCH 中)) 38:20 计算 PWM 的优化截止值 43:02 为什么搜索 TFBS 需要 NO 集(控制)。 富集分析。 45:37 GeneXplain 平台中基因集的站点搜索 (MATCH):分析启动和结果概述 01:02:27 在基因组浏览器中可视化找到的位点 01:04:10 GeneXplain 平台中的 HOMER 和其他 Galaxy 工具 01:07:34 无论进行什么分析,是否都会生成摘要报告? 01:10:16 以后还会有关于miRNA靶点预测的会议吗? #bioinformatics#SystemsBiology #geneXplain #TRANSFAC #CoffeeBreakWithTRANSFAC #GeneRegulation #Transcription #TranscriptionRegulation #TranscriptionFactors #Genes #research#Biology #PromoterAnalysis #TFBS #TranscriptionFactor #DNA#BindingMotif #JASPAR #HOMER #MATCH #HOCOMOCO#FASTA #TranscriptionFactorBindingSite #freeseminar #QandA #seminar #webinar #freewebinar #生物信息学 #系统生物学 #咖啡时间 #化学信息学 #研讨会 #网络研讨会 #DNA #转录 #转录调控 #位置权重矩阵 #位点模型 #遗传学 #基因学 #科学 #癌症研究 #通路分析 #启动子分析 #主调节因子 #变异 #位点增益 #位点丢失
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咖啡时间20_免费的geneXplain 平台帐户的功能
咖啡时间21_TRANSFAC 分析
咖啡时间22_植物的启动子分析
TRANSFAC 转录因子数据库 -- 运用 MATCH 工具在基因序列的启动子区查找转录因子结合位点
咖啡时间18_MATCH Suite 软件演示
咖啡时间16_模式生物的启动子分析
咖啡时间19_DNA和您收入的关系
TRANSFAC数据库 Match Tool 视频: 如何预测特定基因启动子中的转录因子结合位点?(以VEGFA基因为例)
咖啡时间17_模式生物的启动子分析
咖啡时间15_如何找到组织特异性 TF 靶基因?
转录因子结合位点组合分析
使用 Genome Enhancer 从基序到通路和主调控因子 (RNA-Seq + ChIP-Seq) - 第 1 部分
BRENDA 酶数据库 - 如何进行酶的检索
咖啡时间13_如何在 ATAC-seq 峰中找到 TRANSFAC 基序(第二部分)
Coffee break with TRANSFAC (25)_组织特异性转录因子靶基因的鉴定
消失的地球磁场!(上)
Coffee break with TRANSFAC (24)_分析表观基因组学和转录组学数据
咖啡时间12_ 如何在ATAC-seq峰中找到TRANSFAC基序
TRANSFAC转录因子数据库预测转录因子结合位点的应用实例
网络研讨会: 运用计算机辅助策略从死后 HIV+ 脑标本中恢复基因活性谱
Coffee break with TRANSFAC(28)_组织特异性转录因子靶基因的鉴定
咖啡时间(1) 在线解答是否可直接用基因序列检索转录因子结合位点
咖啡时间5: 如何进行SNP的数据分析
咖啡时间3 :TRANSFAC在线问答 (MATCH Suite筛选最佳转录因子结合位点)
15.2
优质公开课——细胞膜的结构和功能
咖啡时间7: TRANSFAC 对不同模式生物的应用
转录因子及其分类 (网络研讨会)
BRENDA 酶数据库 -- 代谢途径图
ChIP-seq 数据分析(第 1 部分)富集转录因子结合位点的鉴定
化学信息学--计算机评估天然化合物的药理潜力(网络研讨会视频)
京都学派大师对谈 广中平祐、冈田节人:什么是独创(2)
TRANSFAC 工具包的应用示例 -- 数据库检索
年轻脑脊液通过 Fgf17 恢复老年小鼠少突胶质细胞生成记忆 (研讨会录制视频)
geneXplain 的生物信息学,系统生物学,系统医学,化学信息学解决方案
咖啡时间11_ 如何在 ATAC-seq 峰中找到 TRANSFAC 基序
应用生物信息学讲座03: 寻找代谢通路
TRANSFAC 数据库 -- 如何通过搜索转录因子获取调控基因信息(以 TF hes1为例)
使用geneXplain 平台在任何真核基因组中搜索转录因子结合位点
主要转录调节因子介导的信号在胃肠道疾病进展和治疗反应中的作用 -- 研讨会录制视频