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RoseTTAFold All Atom by Krishna from Youtube
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支持Baker,大神一如既往的开源!𝐑𝐨𝐬𝐞𝐓𝐓𝐀𝐅𝐨𝐥𝐝 𝐀𝐥𝐥-𝐀𝐭𝐨𝐦(RF-AA),期待已久的 "𝐩𝐫𝐞𝐝𝐢𝐜𝐭-𝐞𝐯𝐞𝐫𝐲-(𝐛𝐢𝐨)𝐦𝐨𝐥𝐞𝐜𝐮𝐥𝐞 "工具。终于开源代码了。 --- 𝐑𝐨𝐬𝐞𝐓𝐓𝐀𝐅𝐨𝐥𝐝 𝐀𝐥𝐥-𝐀𝐭𝐨𝐦是一个能够预测生物单元所有原子结构的网络,包括,蛋白质,核酸,小分子,金属,共价修饰(共价修饰蛋白质)。换句话说:RF-AA 可以生成 𝐩𝐫𝐨𝐭𝐞𝐢𝐧𝐬 𝐰𝐢𝐭𝐡 𝐭𝐰𝐨 𝐨𝐫 𝐦𝐨𝐫𝐞 𝐧𝐨𝐧-𝐩𝐫𝐨𝐭𝐞𝐢𝐧 𝐦𝐨𝐥𝐞𝐜𝐮𝐥𝐞𝐬(小分子、金属、核酸等)复合物的精确模型。想想不做实验就有结果,科研汪们都很美吧 ----------------- 原位链接:https://www.science.org/doi/10.1126/science.adl2528 Code:https://github.com/baker-laboratory/RoseTTAFold-All-Atom 深度学习方法已经彻底改变了蛋白质结构预测和设计,但目前仅限于蛋白质系统。我们介绍了 RoseTTAFold All-Atom(RFAA),它将基于残基的氨基酸和 DNA 碱基表示法与所有其他基团的原子表示法相结合,为包含蛋白质、核酸、小分子、金属和共价修饰的集合体建模,并给出它们的序列和化学结构。通过对去噪任务进行微调,我们获得了 RFdiffusionAA,它可以围绕小分子构建蛋白质结构。我们从目标小分子周围氨基酸残基的随机分布出发,通过晶体学和结合测量,设计并实验验证了能与心脏病治疗药物地高辛、酶辅助因子血红素和采光分子比林结合的蛋白质。
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