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TCGA单个基因甲基化与表达相关性分析
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TCGA数据库是一个包括33种癌的各个组学的数据库。我们通过TCGA数据库可以观察每个人的基因表达的变化;甲基化的变化;拷贝数的变化;以及他们的临床信息。 DNA甲基化 (DNA methylation) 是一类发生在胞嘧啶5号位碳原子上、可稳定遗传的表观修饰,在动、植物基因组中广泛存在。不同组织和细胞内的DNA甲基化的建立和模式 (DNA methylation patterns) 对基因调控、转座子沉默及基因印记至关重要。长时间以来,基因组上每个位点上以及不同组织或细胞内的DNA甲基化模式是如何被调控的,是表观遗传学的一个亟待回答的基本问题。 MEXPRESS(https://mexpress.be/)是一个可视化TCGA数据库当中患者的临床信息—甲基化—表达之间之间关系的数据库。进哥以前做甲基化分析一直很依赖这个工具,但是最近,突然这个网站打不开了,也不知道后续会不会恢复。无奈之下,只能另寻他法。众所周知,一个基因上有多个甲基化探针,所以甲基化数据及其大,为了分析单个基因下载全部甲基化数据太亏了。因此,进哥选择从xena browser上下载单个基因甲基化数据,再利用R语言绘图分析。
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